Hamburger SV

Choupo-Moting membuat debut untuk Hamburger SV pada perlawanan liga pada 11 Ogos 2007 ketika menentang Hannover 96.

1. FSV Mainz 05

Pada 18 Mei 2011, Choupo-Moting menandatangani kontrak tiga tahun bersama kelab 1. FSV Mains 05 secara percuma dari Hamburg. Choupo-Moting menjaringkan sepuluh gol pada musim pertamanya di Mainz. Walau bagaimanapun, Choupo-Moting terlepas aksi 2012–13 kerana mengalami kecederaan dan tidak banyak beraksi.

Schalke 04

Pada 5 Julai 2014, selepas kontrak Choupo-Moting tamat di 1. FSV Mainz 05, FC Schalke 04 mengesahkan bahawa Choupo-Moting menandatangani kontrak tiga tahun dan beliau bersama Schalke sehingga Jun 2014. Bayaran pemindahan itu dilaporkan secara percuma. Pada 6 Disember 2014, beliau menjaringkan hatrik ketika menang 4-0 ke atas VfB Stuttgart.[2]